Fondée en 1954, l'École Sainte-Hélène, alors appelée le couvent, est dirigée par les soeurs de la Charité de St-Louis. Après de nombreuses transformations faites au fil des décennies, l'École Sainte-Hélène a vécu sa dernière phase d'agrandissement en 1997, suite à la fréquentation à temps plein des élèves de maternelle.

Le service de garde Le Prélude a vu le jour en septembre 1997 et il accueillait alors 19 élèves. En 2015-2016 , 400 élèves le fréquentent !

En 1998 un projet d'aménagement de la cour d'école voyait le jour. La piste d'athlétisme et l'installation de modules de jeux psychomoteurs ont fait la joie des enfants. Ce projet s'est échelonné sur 5 ans.

De septembre 2003 à juin 2008,  grâce aux profits des campagnes de financement annuelles, nous avons pu renouveler les bibliothèques dans les classes afin de valoriser la lecture chez les enfants.

Depuis septembre 2007, le conseil d'établissement de l'école a entrepris des démarches concrètes et formelles auprès de la Ville de Lévis et de la Commission scolaire des Navigateurs afin qu'une zone plus sécuritaire pour les enfants soit aménagée devant l'école. Ce projet a été actualisé au cours de l'été 2010.

Depuis septembre 2008, des efforts sont à nouveau mis sur l'amélioration des installations de jeux dans la cour d'école et sur le renouvellement du matériel pour les récréations. Suite à la présentation d'un projet par le conseil d'établissement, l'école a reçu en novembre 2009 la somme de 5000,00 $ de la caisse Desjardins des Rivières Chaudière et Etchemin.

 À l'École Sainte-Hélène, enseignants, professionnels, personnel de soutien, éducateurs du service de garde, parents et membres de la communauté travaillent de concert pour la réussite des élèves. Ce précieux travail d'équipe de tous les partenaires fait de l'École Sainte-Hélène un milieu de vie dynamique et sans cesse en évolution tant sur le plan pédagogique que sur le plan de ses aménagements physiques.